Перша згадка про велику печеру біля села Нижнє Кривче зустрічається в 1721 р. у книзі Г. Жончинського "Натуральна історія королівства Польського". В 1745 р. Габріель Жончинський у новій роботі "Актуальна історія натуральна королівства Польського" пише знову про печеру в селі Кривче "із тісним входом, таку заплутану, що в ній можна заблудитися". У 1783 р. про печеру в с. Кривче пише Кс. Ладовський у книзі "Історія натуральна королівства Польського". У 1878 р. вийшла книга А. Грушецького "Про печери від Карпат до Балтики", яка є фактично першим кадастром, що включав і печери Поділля. Тут говориться про багато печер, у тому числі й про Кришталеву.

У 1908 р. Кришталеву вдруге відкрили інженер К. Гутковський і доктор (наук) М. Орлович. Вони описали її привхідну частину та декілька великих залів.

У 1928-1930 рр. проводились археологічні дослідження ближньої частини Кривченської ("Кришталевої") печери під керівництвом професора археології Львівського університету Леона Козловського. У 1939 р. у роботі "Нарис історії Південно-східної Польщі" він писав, що вхідний коридор був такий недоступний і засипаний, що з великими труднощами, проповзаючи в глибину вузьким ходом, він спільно з членами експедиції потрапив у перший зал, який був названий іменем проф. Козловського (зараз зал "Казковий"). Наступним спеціалістом, який продовжив вивчення Кришталевої печери, став варшавський археолог Людвіг Савицький, який разом з археологічними пошуками зайнявся геологічними дослідженнями й проблемою обладнання печери для відвідування туристами.

У 1931 р. детальне дослідження Кривченської печери проводить, за дорученням Львівського комітету Державного комітету охорони природи та Центрального правління Подільського туристсько-краєзнавчого товариства в Тернополі, інженер Віктор Нехай. У 1933 р. він у книзі "Путівник по печері в Кривче" дає опис і карту дослідженої частини печери. Печера знаходилась на землях, які належали сімейству Мельзерув, котрі подарували Польському туристсько-краєзнавчому товариству (ПТТК) ділянку території біля входу та дві башти замку Кацьких, де був обладнаний притулок на 20 осіб для туристів, відвідуючих печеру. Члени ПТТК прокопали вхідний коридор у печері. Вона стала однією з найбільш відомих печер у довоєнній Польщі. Путівники на різних мовах та численні описи Поділля присвячували їй постійне місце.

Починаючи з 1961 р. Подільські печери систематично досліджує комплексна карстова експедиція Академії наук УРСР.

Під час війни вхід у печеру було підірвано. В 1961 р. його вдалося розкопати загальними зусиллями учасників комплексної карстової експедиції УРСР та студентів Тернопільського медінституту. З того часу тут проводяться систематичні дослідження.

У 1962 р. К. А. Татаринов, І. В. Марисова та Г. А. Бачинський знайшли та описали багаті палеозоологічні поховання в печері Кришталевій.

У лютому 1962 р. у складі експедиції Львівського відділу географічного товариства СРСР І. М. Гуньовський дослідив та дав опис п. Кришталевої. У тому ж 1962 р. почали топографічну зйомку печери. За даними 1963 р., загальна довжина ходів печери досягала 18,8 км, тобто на той час це була найдовша у світі печера в гіпсах. У 1968 р. обласна секція спелеотуризму продовжувала організацію та проведення екскурсій у печери області. Екскурсії проводились, головним чином, у дві печери - Кришталеву та Млинки. Екскурсантів у п. Кришталевій приймав та обслуговував провідник. Плата за вхід була 20 копійок. Усього за приблизними розрахунками за 11 місяців 1968 р. в організованих екскурсіях у печерах побувало біля 15 тис. чоловік.

Ще у 1965 р. Тернопільський облвиконком прийняв рішення про охорону печер області та оголосив печери Кришталеву, Млинки, Вертебу та Голубі Озера заповідними.

У 1968 р. вхід у Кришталеву був обладнаний дверима та освітленням, і з цього моменту доступ у печеру став можливий тільки з провідником.

У березні 1976 р. була проведена 37-а експедиція Тернопільського клубу "Поділля". Мета експедиції - перезйомка печери і подальші дослідження для коректування нового екскурсійного маршруту. Результати експедиції: відзняті біля 7 км і розвідано 200 м нових ходів.

У 80-х роках дослідження київських та борщівських спелеологів довели довжину печери до 22 км.

Зараз Кришталева печера пристосована для масового відвідування. Обладнаний та електрифікований шлях, яким проходять екскурсії, зручний під'їзд, обслуговування груп професійними провідниками роблять оглядовий маршрут доступним для всіх людей у будь-яку пору року.